Bilogický výskum prevádzkuje Compaq

Superpočítače Compaq pre biologický výskum

Spoločnosť Sandia National Laboratories, výskumný inštitút amerického Ministerstva energetiky a Celera Genomics, špičková inštitúcia orientovaná na biologický výskum a poskytovanie biologických dát, podpísali so spoločnosťou Compaq kontrakt o zabezpečení technológií pre projekt, ktorého cieľom je vytvoriť novú generáciu softvérových a hardvérových výpočtových riešení pre potreby biologického výskumu a rôzne iné vedecké aplikácie.

Spoločnosť Celera bude spolupracovať so spoločnosťami Sandia a Compaq na zvýšení svojich výpočtových kapacít až na úroveň 100 triliónov operácií za sekundu (100 TeraOPS). Zdieľanie niektorých počítačových technológií vyvinutých spoločnosťou Sandia by mohlo spoločnostiam Celera a Compaq umožniť dosiahnuť úroveň až 1000 TeraOPS.

Spolupráca týchto popredných spoločností je potrebná na dosiahnutie finančne dostupného vysokého výkonu, ktorý dnes vyžadujú aplikácie pre výskum genómov a proteínov. "Biotechnologická revolúcia, za zrod ktorej sa dá považovať program Human Genome (HUGO), sa dostáva do novej etapy, v ktorej dôjde k previazaniu molekulárnej biológie s vysokovýkonnými počítačovými technológiami", hovorí Bill Richardson, minister energetiky Spojených štátov.

Spoločnosť Sandia v súčasnosti prevádzkuje najvýkonnejší superpočítač založený na operačnom systéme Linux - CplantTM, ktorý obsahuje viac ako 1600 procesorov Alpha spoločnosti Compaq. Sandia je tiež domovom pre prvý TeraOp superpočítač - ASCI Red, ktorý bol až donedávna najrýchlejším superpočítačom na svete. Aliancia spoločností Celera, Sandia a Compaq bude využívať procesory Compaq Alpha paralelne integrované do masívnej konfigurácie s extrémne vysokou priepustnosťou a nízkou latenciou sieťových prepojení. Spoločnosti Compaq a Sandia vyvinú pre účely tohto projektu ako hardvérové, tak aj softvérové riešenia.

Nový superpočítač by sa mal využívať na účely výpočtov a správu dát z výskumu proteínov. Požiadavky na tento systém sú oveľa náročnejšie než bola analýza zloženia ľudského genómu. Databázy údajov o genómoch sa budú následne využívať pri vývoji nových liečiv, odrôd poľnohospodárskych plodín, materiálov a riešení pre lepšie využívanie existujúcich a nových energetických zdrojov a ochranu životného prostredia.